Tak, trzeba sprawdzić stronę i w razie potrzeby wyczyścić, bo nie wszystko musi być w porządku, nawet jeśli na razie nie ma objawów infekcji.
Usuwając wpis z pliku .htaccess (skrypt JS wstrzyknięty w header.php itp.), usunąłeś tylko ten wpis, który powodował objawy ataku/infekcji. Dlatego nie są one już odczuwalne. Natomiast nadal musisz pamiętać o tym, że ktoś był w stanie w nieautoryzowany sposób te pliki zmodyfikować – a tej możliwości w żaden sposób nie zablokowałeś, więc złośliwe oprogramowanie prawdopodobnie powróci na stronę po krótkim czasie.